Sebagai lembaga yang menghasilkan tenaga kependidikan agama, ide untuk meningkatkan mutu lulusan selalu diusahakan. Diawali dengan meluluskan tingkat sarjana muda sejak tahun 1963 dan tingkat sarjana sejak tahun 1975, maka sudah menjadi komitmen Universitas Hindu Indonesia untuk meningkatkan kualitas program dan lulusannya dari S1 menjadi S2 dan S3. Sejalan dengan keinginan tersebut, pada 28 Oktober 2002 melalui surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 3191/D/T/2002 berdiri Program Pascasarjana (S2) Ilmu Agama dan Kebudayaan. Yang diperpanjang dengan SK DIKTI No. 2327/D/T/2005 pada 7 Oktober 2005. Pada tahun 2008, Program Pascasarjana Unhi menambah dua program studi baru yaitu Program Magister (S2) Pendidikan Agama Hindu dan Evaluasi Pendidikan Agama Hindu dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI No. 139 tahun 2008, tanggal 10 Oktober 2008. Pada tahun yang sama Program Magister (S2) Ilmu Agama dan Kebudayaan ditingkatkan menjadi Program Doktor (S3) Ilmu Agama dan Kebudayaan, dan Program Magister (S2) Pendidikan Agama Hindu ditingkatkan menjadi Program Doktor (S3) Pendidikan Agama Hindu.